Kostol bol vybudovaný v roku 1221 najmä z lomového kameňa bratislavských kameňolomov. Budova bola postavená v ranogotickom štýle. Z architektonického hľadiska bol postavený na základe vzoru benediktínskych farských kostolov. Budova si až do prvej tretiny 20. storočia zachovala svoj pôvodný ráz. Svätyňa má krížovú klenbu. Klenba zostala v pôvodnom stave zachovaná aj v sakristii. Prostrednú loď oddeľuje od svätyne víťazný oblúk. Nová klenba bola vybudovaná v roku 1480, je už neskorogotická a je zhotovená pomerne nedbalo. Svätyňa, sakristia a veža pochádzajú z 13.storočia, dokonca aj múr hlavnej lode a časti múrov bočných lodí, ktoré boli zachované ako piliere do výšky 3-4 metrov. Dokazujú to fragmenty pôvodných rebier. Počas tureckých nájazdov bola budova výrazne poškodená. Zničené bolo gotické zariadenie kostola a za obeť padli aj vežové hodiny.
Väčšia renovácia kostola sa vykonala za čias arcibiskupa Csákyho v rokoch 1751-1755. Z toho obdobia pochádzalo barokové zariadenie, ktoré sa používalo až do začiatku 20.storočia.V 18.storočí bolo ku svätyni pristavané oratórium arcibiskupa Józsefa Batthyánya, kde počas svojho pobytu v Biskupiciach vykonával svoje kňazské povinnosti. V roku 1794 bola dokončená Ormosdyho krypta a kaplnka, ktorá sa otvárala z južnej lode. Významná bola renovácia v roku 1889, kedy boli vo svätyni umiestnené nádherné vitrážové okná. V roku 1901 boli barokové oltáre vymenené za neogotické a obnovilo sa aj ostatné zariadenie.
Fresky sa na zachovaných múroch zničili v šesťdesiatych rokoch 20. storočia, kedy bol interiér kostola nanovo vymaľovaný a to tak, že stará omietka bola zhodená bez ohľadu na to, že v jej vnútorných vrstvách môžu byť vzácne majstrovské diela.
Vo veži boli tri zvony, dva z nich vzali počas prvej svetovej vojny, nahradené boli v roku 1921 pri príležitosti 700-ročného výročia založenia cirkevného spoločenstva sv.Mikuláša. V roku 2002 bol z milodarov farníkov nahradený poškodený 300 kilogramový zvon moderným zvonom.
Jednomanuálový 12 registrový organ s pedálom v rokoch 1910-14 zhotovil bratislavský staviteľ organov Vince Mozsný. Kompletná rekonštrukcia tohto organu prebehla v roku 2014.
Galéria
